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英伟达与华大基因合作 使用 CUDA 进行全基因组测序

在GTC 2019大会上,英伟达CEO黄仁勋带来了AI框架、开发工具、数据科学、云计算、实时渲染以及5G 等等方面的新动作。而在垂直领域,黄仁勋则表示,从运输、医疗、金融到零售,各行各业都在争相利用AI的自动化能力。

今年,英伟达为CUDA增加了两个新的主流应用——5G vRAN和基因组处理,基因组行业的华大基因对应用实现了支持。

现场,黄仁勋发布NVIDIA Parabricks基因组分析工具包,Parabricks是一个基于CUDA加速的基因组处理工具包,可以用于发现变异,并能产生与GATK最佳实践流程一致的结果,实现30-50倍的加速。

Parabricks提供了DeepVariant工具,利用深度学习技术进行基因变异检测。现在,华大基因就采用了Parabricks。借助若干GPU服务器,华大基因可以按照测序仪生成数据的速率来处理基因组。

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